Les permutations se font en plusieurs phases. Ces phases consistent à lister les possibilités de changement de départements. Ces possibilités peuvent être un échange simple entre deux départements ou un chainage de plusieurs départements. Au final, chaque département doit avoir le nombre d’entrées et de sorties correspondant à l’équilibre souhaité par le recteur. Ainsi un département ayant trop d’enseignants va laisser partir et peu entrer.